Есть две проблемы.

1. Некоторые пады компонентов должны соединяться с заливкой земли через термалы, а некоторые напрямую. Но настройках заливки можно указать лишь глобальны параметр для всех падов... Как быть?

2. А есть ли кипаут для заливки? Т.е. нарисовал полигон и он не заливается.

По первому вопросу, в 2002м пикаде в настройках компонента (Component Properties) на вкладке Pattern Pads нажимаю кнопку Pad Styles, затем Modify и там можно выбрать для конкретного стиля площадок соединение с полигоном Direct или Thermal. Правда при этом поменяются все площадки этого стиля. Поэтому, как я понимаю, учитывать тип подключения к полигону нужно на этапе создания (редактирования) компонента.

Для этих целей используйте Cutout.

Не надо ничего зарание учитывать. Надо зайти в Options/PadStyle, нажать кнопочку COPY, выбрать нужную площадку в нижнем поле, в верхнем ввести похожее имя (например тоже имя, добавив DIR), нажать ОК. Затем найти эту новую площадку в списке, отредактировать ее (настроить соединение Direct), не забывая нажимать кнопочку Modify.
А уж потом только лезьть в Component Properties/Pattern Pads и на нужных ногах изменить PadStyle на свежесозданный...

PS А вот чтобы такой фигней не страдать каждый раз, удобно создать файл с технологическими параметрами (File/TechnologyParameters) и держать все нужные стили площадок там, копируя их от туда на плату по мере необходимости.