Извините, не увидел, что у вас ядра загружены на 100%. Просто из моего опыта мне важна отзывчивость системы больше, чем более быстрый процессор.

Такой вопрос уважаемые доны , подойдёт ли для целей сабжа комплект который можно на алиэкспресе купить : серверный Xeon LGA2011 E5 2680 V2 + 64 гбайта памяти ?
Или не стоит связываться?

На мой взгляд за серверными гнаться не стоит. Мне для CycloneV хватает 8ГБ ОЗУ. Quartus в основном использует 1-2 ядра, остальные ядра используются чуть-чуть и погоды не делают. Всё это можно посмотреть в отчетах Quartus. Моделирование тоже использует одно ядро или два, точно не помню. Поэтому для своих нужд я был брал процессор с максимальной производительностью на ядро, а ещё лучше чтоб разогнать можно было.

FYI:
Нажмите для просмотра прикрепленного файла

То есть, если проект большой и в нем много модулей, то можно ускорить синтез, задав для каждого модуля отдельную partition.

Для простых проектов это, конечно, не актуально.

Я пока пользуюсь Quartus 16.1.2 и проекты у меня маленькие. Разрешено использовать все ядра -4 ядра 8 потоков. Для больших проектов может все по другому.
Нажмите для просмотра прикрепленного файла