http://pol-sem.narod.ru/AVRminiICE/jtag.htm
Спаял сей дивайс.
Не могу залить бутлодер в MEGу: закидываю соответствующий файл в PonyProg, а он обрезает два крайних ряда..

Ответ напрашивается-взять другой программатор-например,авреал.

Можно обойтись без бутлоадера. Возьмите программку ebn2hex, любезно предоставленную Proton в ветке "Исходники программ и библиотек, у вас есть чем поделиться?", переконвертируйте прошивку jtagice.ebn в hex и заливайте сразу ее.

Программирую через STK200, в avreal пишу: avreal32 +atmega16 -p1 -as -o7.3728MGZ -w boot.hex правильно?
Запускаю AVR Prog выскакивает окно: No supported board found! AVRrpog version 1.37

Судя по приведенной командной строке вы только залили бутлоудер во флэш, а fuse не прошили, ИМХО поэтому AVR prog железа и не видит... Я AVREAL не использую, но вот для примера содержимое батника который прилагался к бутлоудеру для М16:
avreal32 +mega16 -P1 -as -O7372 -ew -C bootloader_mega16.hex -fbrst=on,cksel=a,BSIZ=01.
Подкорректируйте фузы для вашего случая и прошейте их.

А Вы не лодырь заливайте, я ж выкладывал там последнюю прошивку
(не надо через AVR Prog ничего потом заливать)
http://pol-sem.narod.ru/AVRminiICE/jtag.files/miniICE.hex
и фузы для AVReal
BODLEVEL = 1
BODEN = 1
SUT = 0
CKSEL = F
BLB1 = 3
BLB0 = 3
OCDEN = 0
JTAGEN = 0
CKOPT = 1
EESAVE = 1
BOOTSZ = 0
BOOTRST = 1

Извиняюсь что старую тему поднимаю...
А вот у меня через Tools - Program AVR - Connect
все работает и программируется на ура, а вот как только я пытаюсь включить отладку - пишет:
Could not connect to JTAG ICE
Select Platform/Port/Retry не помогает...
что делать?

таким образом вы коннетитесь с житагом в режиме программатора .
Debug -Select Platform fnd device - JtagIce - так либо при открытии проекта выбираете житаг в режиме отладчика

Fuse биты, отвечающие за JTAG и за отладку по JTAG разные.
Очевидно, Вам нужно запрограммировать (=0) бит OCDEN, т. к. по умолчанию он не запрограммирован (=1).

Нажмите для просмотра прикрепленного файла
Все равно пишет что не может подключиться к устройству...

для тех кто в танке повторюсь: Debug -Select Platform and device - JtagIce . коннектиться с житагом через Tools перед отладкой противопоказано . пишите программу , далее Build затем (если нет ошибок) Debug и наслаждайтесь отладкой в кристалле земляк (я из Красноармейска)

m16, спасибо большое! Сам бы еще долго возился и плясал с бубном
А вообще я не в танке, я с микроконтроллермаи только-только начал разбираться, еще и недели нету поэтому много не знаю...

как начинающему игнорировать хелпы той же студии -не есть хорошо