Я за полную загрузку периферии. В Cortex все унифицировали: есть одинаковый для всех SysTick и одинаковый NVIC.
За это переживать не надо.
Никогда не приходилось запрещать прерывания, а задачи решал самые разные. Для этого есть NVIC с ключевой буквой N,
типа вложенных прерываний с гибкой настройкой приоритетов. Недавно обсуждали SVC вместо критических секций.

Долгие годы программирования "железа" должны были научить пользоваться документацией на это "железо"


RefMan на подсемейство K10: про PIT гл. 41 (всего 12 стр) разд. 41.4.3 волшебные слова "Chain mode" - тик будет с любым периодом. Редко у чего бывает "предделитель" в 32 разряда.