Плис установлена в ISA и при загрузке одновременно с компьютером вешает систему в чем дело?

Не хватает данных для анализа ситуации. Хотя бы на словах опиши схему.

CPLD или FPGA, каким образом происходит конфигурация?
Поставьте 3032 и конфигурируйте после включения.

Скачайте с altera.ru схему ByteBlasterMV, соберите и конфигурируйте.

С Уважением, Андрей.

если FPGA пользуете в мастер сериал режиме - уменьшите время загрузки..
т.е. увеличте частоту выборки конфигурации.

возможно у вас до конфигурации ноги типа прерывание или бас реквест в активном состоянии и при поиске биосом устройств плуг&плей и происходит зависание.

При загрузке компьютера? Или при программировании самой ПЛИС?
Если при щагрузке ПК то вешает потому, что буферные элементы, которые подключены на шину данных (D0...D7) при загрузке развернцты в сторону ISA (то есть-выход из ПЛИС на шину данных) и вешает. Или еще случай-есть там такой сигнал IOCHRDY, который вводит такты ожидания для компьютера, т.е. ПК просто останавливается на то время, пока этот сигнал установлен. Если он установлен в низкий уровень-то машина просто встанет.