Ситуация - плата с двухсторонним монтажом, на верхнем слое установлены выводные элементы. Отключаем полностью изображение слоя "top" и устанавливаем фильтр выбора компонентов только для слоя "bottom". Массово выбираем компоненты и видим, что выбираются не только SMD компоненты нижнего слоя, но и установленные на верхнем слое выводные компоненты.

Если на слое bottom видны контактные площадки компонент со слоя top, то такие компоненты тоже будут селектироваться. Если на слое bottom есть корпуса компонент, то отключите видимость контактных площадок и выбирайте компоненты по их корпусам.

В том то и дело, что не видны
Я с таким столкнулся при формировании сборочного и silkscreen'а.

Да, есть такая проблема. Чтобы проделать то, что Вы хотите, отключите еще ЦВЕТ пинов на слое bottom.