Контроллер LPC2214, внешняя память 32бита.
При отладке в GDB, с начала запускаю программу во внутреннем ОЗУ, все нормально выполняется,
но когда в Linker Script File меняю область памяти с внутренней (0x40000000 - ...) на внешнюю (0x81000000 - ...) GDB отказывается грузить исполняемый код во внешнюю ОЗУ. Что я делаю неправильно?

Нет там этой памяти до инициализации EMC. Обычно имеется возможность исполнения скрипта которым предварительно и нициализируют EMC.

Насколько я понял речь идет о скрипте, который запускается для инициализации GDB.
Не могли бы вы подсказать какую команду можно использовать для установки значений регистров.

точно такиеже действия как и инициализация EMC контроллера в коде ,
тоесть запись определённых слов в память .
типа write32(MEMADDR,VALUE) посмотрите руководство на GDB