Стартовый набор конечно интересный ... и памяти просто куча ... но мне не нравится разьем на 100пинов ... попробуй подцепить что нить ... Зайди сюда http://electronix.ru/forum/index.php?showtopic=21461 здесь описано про что я говрю ...

На данный момент использую для прототипирования микропроцессора ПЛИС EP1C12 - роект пока занимает 68% ячеек, там безумно расширенное 51-ое ядро (16-битные операции, DSP-инструкции, и т.д.), плюс неплохая пачка периферии (таймеры, уарт, контроллер DMA, контроллеры АЦП и ЦАП, контроллер LED-индикатора, клавиатуры), сопроцессор цифровой фильтрации...
Если Вы его напишете полностью совместимым - то естественно да.

Легко.

Правы.

Если проект не сложный, то может оказаться достаточным симулятор, находящийся в составе родной среды разработки. У альтеры это Quartus. Для всяких сложных и тяжелых случаев применяют специальные программы-симуляторы, Mentor Graphics modelsim, Cadence IUS, Synopsys VCS, и т.п. Их выбор есть. И есть (в части модельсима) упрощенные "ПЛИС-едишн", например modelsim Altera Edition.
Жтаг не только для загрузки программы - через него можно в среде разработки смотреть состояние сигналов, содержимое ОЗУ, и т.п., но это в реальной жизни не нужно.

А с чего начать - я бы посоветовал или семейство Cyclone (первое, не -II), или семейство MAX-II. Но, раз у Вас снаружи МК, то лучше FPGA, так как есть откуда грузить конфигурацию.