Может уже кто заметил...
У AtMega48 наблюдается "перетекание" напряжения из одного канала АЦП в другой если переключение происходит при работе со SLEEP-сорежимом (в т.ч. IDLE). Если SLEEP-а нет или делать холостое преобразование (можно принудительно выключая, а затем включая АЦП сделать 25-тактное преобразование), то проблем с взаимной связью между каналами не наблюдается.
Эффект связан только с переключением MUX-ов, с переключением REFS-ов вроде все Ок...