Как стоит именовать элементы в каналах?
Пока останавливаюсь на варианте $Component, а на плате уже нанести номер канала.

Правда, в этом случае будет один референс для элемента (R2, например) во всех каналах.

В ГОСТ 2.702-75 (новее не нашел) есть указание

"3.22. На схеме изделия, в состав которого входят функциональные группы, позиционные обозначения элементам присваивают по правилам, установленным в пп.3.17-3.19, при этом вначале присваивают позиционные обозначения элементам, не входящим в функциональные группы, и затем элементам, входящим в функциональные группы.
При наличии в изделии нескольких одинаковых функциональных групп позиционные обозначения элементов, присвоенные в одной из этих групп, следует повторять во всех последующих группах."

Последний абзац вступает в противоречие с существующей практикой - не может быть двух элементов с одним поз.обозначением.

А кто Вам мешает использовать префиксы в позиционных обозначениях элементов различных каналов? Например 1-R1, 2-R1 и т.д.

Вообще-то мешает упомянутый ГОСТ, хотя я и сделал, пока, в нарушение, 1R1, 1R2 и т.д.

3.21-3.23. (Измененная редакция, Изм. № 2).
3.24. Допускается, если это не усложняет схему, раздельно изображенные части элементов соединять линией механической связи, указывающей на принадлежность их к одному элементу.
В этом случае позиционные обозначения элементов проставляют у одного или у обоих концов линии механической связи.
3.25. При изображении отдельных элементов устройств в разных местах в состав позиционных обозначений этих элементов должно быть включено позиционное обозначение устройства, в которое они входят, например, = А3—С5 — конденсатор С5, входящий в устройство A3.
3.26. При разнесенном способе изображения функциональной группы (при необходимости и при совмещенном способе) в состав позиционных обозначений элементов, входящих в эту группу, должно быть включено обозначение функциональной группы, например,  Т1—С5 — конденсатор С5, входящий в функциональную группу Т1.

таким образом, подразумевается, что позиционное обозначение = позиционное обозначение устройства + позиционное обозначение элемента и противоречий с ЕСКД нет.

В какое противоречие и почему не может? Все может и АД умеет это делать.

спасибо! Тяжеловесно, конечно, а что делать.