Пишу на VHDL, вроде все работает, но если посмотреть на полученную схему, что там компилятор нагородил, что-то совсем не оптимально выглядит. Если бы я делал схему из простой логики, делал бы совсем по другому, и меньше ресурсов бы ушло. Некоторые изменения VHDL кода изменяют и синтезируемую схему, и кол-во логических ячеек, хотя алгоритм работы схемы остается без изменений. Но методом тыка это делать долго.

Вообщем что можно почитать о том как оптимально писать на HDL чтобы схема красиво ложилась в конкретную FPGA.
Работаю с Altera.

Надо почитать даташит на используемый компонент, понять его архитектуру и держать ее в голове при написании кода.

Quartus II Handbook -> Volume 1: Design and Synthesis -> Section II. Design Guidelines -> Chapter 6 -> Recommended HDL Coding Styles (603KB)

Прошу прощения, что с опозданием отвечаю... Сам столкнулся с этой проблемой. Хорошо показано, как правильно писать код для синтеза в фирменном гайде от Xilinx: Synthesis and Simulation Design Guide; конкретнее приемы кодирования для более корректного отображения в RTL: раздел Coding for Synthesis.