Вот кусочек командной строки avreal32 на atmega16:
-fcksel=E,ckopt=0,jtagen=1
что обозначает буква E?

Это не буква, это шестнадцатиричная цифра:-) Значение фьюза смотрите в даташите.

Я прекрасно понимаю что это цифра! А в даташите я уже смотрел

Таблица 4 - там биты 3..1 от CKSEL. таблица 5 - бам бит 0.

E - это 1110.

Это получается по таблице 4, что частота Crystal Oscillator больше 1 МГц? Причем независемо от того E это будет или 5, или 6, т. к. ckopt=0

Да это режим > 1Мгц, только не для кварца, а для керамического резонатора.

Я в электронике не секу, но помоему на плате стоит кварц. Если честно, то я не вижу разницы между ними

В Вашем случае это не так важно. Если CKOPT = 0 ( запрограммирован) имеете полный рамах сигнада (rail no rail) это необходимо для частот от 8 до 16 МГц, если CROPT = 1 (незапрограммирован) то при ваших CKSEL от 1 до 8 МГц.

А ещё можно вопрос? а что значит флаг уровня защиты -l2 в avreal32?

-l[+]# -l# Установить уровень защиты # = 1 (LB2=1,LB1=0) или 2 (LB2=0,LB1=0)
-l+# То же самое, только lock биты прошиваются до зашивки fuses
(необходимо для включения BODEN и залочки 90s4433 в одном цикле
подачи питания)

для atmega16 это значит:
Further programming and verification of the Flash and
EEPROM is disabled in Parallel and SPI/JTAG Serial
Programming mode. The Fuse bits are locked in both
Serial and Parallel Programming mode.?

а есть источники где можно по русски почитать более детально о fuse битах, книги может какие то?

Конкретно для 16й меги - не знаю. Вот здесь есть общие статьи по архитектуре. Можно там же почитать про 128ю мегу, они близкие родственники:-)