Задача заключается в следующем: есть mega16 и есть регистратор. Для управления регистратором имеется 2 вывода (исходя из инструкции) клок и dio. Имеется так же описание всех регистров регистратора.
Вопрос: как можно мегой "обратится" к регистрам регистратора для чтения и записи в них???

2 mdn - судя по вашему описанию - у вас что-то типа TWI - вы разберитесь всё таки.

Касательно вопроса - советую найти полную документацию на ваш девайс - там должно быть описание протокола обмена - типа как достучаться до регистров - описание всех регистров регистратора недостаточно..

Та вот с протоколом обмена в datasheet как то туговато....

Вы бы хоть немного уточнили условия вашей задачи, указав что за регистратор (тип/модель/производитель)? Телепатия конечно нынче в моде, но пока еще слаборазвита

Судя по конфигурации вопросов, путь до решения задачи будет изрядно тернист..
Для начала надо осциллографом посмотреть уровни сигнала на контактах регистратора. Если уровни отличаются от напряжения питания Меги, то поставить преобразователь уровня. Дабы не сжечь собственно любое из этих двух устройств. Если "dio" двунаправленный, то и в преобразователе надо это предусмотреть.

Далее. Ищем нормальную доку на работу с регистратором. В которой расписаны и разрисованны диаграммы записи/чтения и способ доступа в регистры регистратора. Роемся в помойке(инете) или теребим производителя..

Далее. Выбираем два пина на Меге. Обзываем "клок" и "дио" и заводим в регистратор (преобразователь уровней по потребности).
Это был физический уровень. Теперь логический.
Берем среду программирования. Пишем подпрограммы прочитать/записать блок данных в регист(ы). Это низкоуровневый доступ к железу. Далее пишем основное тело программы, которое получив данные от оператора(носителя), через п/п чтения/записи, через двухпроводный интерфейс будет рулить регистратором..

ЗЫ Ответ на вопрос "Как..?" читаем в инструкции