Как задать зазор между двумя диф. парами?

Разумеется имеет. Чем больше этот зазор тем меньше наводки (cross talk).
Конкретное минимально допустимое значение этого зазора рассчитывается для вашей конкретной импедансной конфигурации.

Возможно стоит почитать документы TI по LVDS, либо если на русском, то, например статью Юрия Гончарова: http://www.compitech.ru/html.cgi/arhiv/01_03/stat_106.htm

Есть очень подробный документ на эту тему от разработчика стандарта
LVDS National
http://www.national.com/appinfo/lvds/0,1798,100,00.html
Все очень подробно описано.

А ещё очень посмотрите в интернете :
"AN-905.pdf" (National)

Дико извиняюсь! Эта тема шла, как бы в продолжение другой, и я по запарке не дописал пары солов. А задумывалась она так: "Как задать зазор между двумя диф. парами в PSB Epidition 2002?"

Если речь именно о зазоре между двумя или несколькими парами. То
- Создайте два класса (Setup>Net_Class_And_Clearances>Net_Classes). Присвойте класс_1 к двум цепям первой пары, класс_2 цепям второй пары.
- Создайте новое правило зазоров (Setup>Net_Class_And_Clearances>Clearances)
- в таблице (там же внизу) укажите что между класс_1 и класс_2 используется это новое правило