В чём трудность - не понятно.
Но не запускается генератор AT90CAN128 на внешних кварцах из диапазона 8-16 Mhz.
Перебрал все варианты fuse-бит: CKSEL и SUT, результат отрицательный.
Если подать внешнее CLK на XTAL1 - процессор работает.

Менял микросхемы и кварцы, менял программаторы - всё равно не запускается.
Причём если на XTAL1 подать внешний сигнал, выход XTAL2 переключается в 0 и так и стоит, выходной сигнал отсутствует. Странно так же ведёт себя вход (XTAL1), если был в состоянии "1" и его коснуться отвёрткой - переключается в "0" и наоборот.
Странно всё это ....
Может чипы не кондиционные ?

А какие кондеры у кварца-то?
Просто подавать клоки на XTAL1 - это нормально, так и надо. А вот отверткой касаться не стоит!

Разные ставил, начиная вообще без кондёров.
Потом по: 8pF, 12, 22, 47, 100 ...

Ножки XTAL1, 2 от платы отпаивал и соединял навесным монтажем, чтоб исключить влияние ёмкости PCB. Не спасло. Мне странно поведение пина XTAL1, он ведёт себя как выход триггера, хотя в даташите описан "аналоговый вход" операционника .... вот в чём суть.

Вариант должен быть почти что один -
CKSEL=F
SUT=3
конденсаторы возьмите по 20-22пФ, и главное - хорошенько отмойте плату

Вот мой вариант программирования

avreal32 -ab +90can128 -e -w -v -l2 -o1000 -%% trakcan.hex -fcksel=f,ckdiv8=1,bodlevel=3,ocden=1,jtagen=1 -p1

Всё прекрасно работает на 5V 16МГЦ.

Мав таку ситуацію....але справа була в живлині і розводці плати...коли підпаявав кварц ближще все пішло.

Чип срезал, плату промыл в читсейшем спирте пару дней.
Измерил изоляцию между площадками прилегающими к XTAL (более 30 мегом).
Запаял новый кристалл.
Снова промыл в спирте.

Кварцы не запускаются, от внешнего генератора всё работает.
ЧД - не знаю ...

Попробуйте запустить от внешней R-C цепочки. Хоть процессор проверите.
А кварцы вроде бывают разные - параллельного резонанса и последовательного. Или что-то в этом роде. От одних АВР работает, от других нет. Сам с таким сталкивался. Выпаивал кварцы с компьютерных плат - от них не работало. Хотя от кварца с таким-же номиналом, купленного в магазине, работало.

Всё-же наверно что то приключилось с микросхемами,
потому что если на вход XTAL1 подавать меандр, на выходе XTAL2 сигнала нет. Всегда в нуле. При включении питания в 1е. Подаешь сигнал - переключается в нуль и стоит.