Как правильно понимать DATASHEET на ATmega8 - на стр.239 указан абсолютный максимум 200 мА через VCC и GND, а на стр. 240 - 400 мА. Наверное в первом случае контроллер не выйдет из строя при кратковременной нагрузке, а во втором случае не гарантируется?

На стр. 240 есть еще две цифры максимальных токов для DIP-корпуса 200 мА по одним цепям и 100 мА по другим, хотя в сумме это 300 мА, а не 400 мА. Куда делись еще 100 мА?

Понимать надо следующее - для разных корпусов - разное максимальное значение потребляемого тока. чем больше входов питания тем больше возможное потребление. Т.е. кристаллы в корпусах MLF и TQFP более "мощные" чем DIPы.

200мА через VCC и GND можно пропускать постоянно, таких ног по две, что в сумме дает 400мА. Однако для групп портов имеются собственные ограничения и
их сумма может быть как меньше, так и больше пределов GND и VCC.

Не все сходится. В ATmega8515 имеется по одному выводу VCC-GND (DIP). Абсолютный максимум 200 мА, на следующей странице DATASHEET три цифры 300 мА и 150+150 мА. В ATmega8535 имеется по два вывода VCC-GND (DIP). Абсолютный максимум 200 мА, на след. стр. 200 мА и 100+100 мА. В этих случаях хотя бы сумма сходится.

Похоже, что абсолютный максимум у Mega один и тот же 200 мА

Думается это либо ошибка в даташите, либо нужно кристалл рассматривать как совокупность устройств, для каждого из которых разные допустимые токи. Так для модуля питания - 200 мА, а для портов 300 мА.
Вообще не стоит эксплуатировать контроллер в таком жестком режиме - это же не реле.

Угу, на партии Mega163 выходы со временем дохли от 12мА на вывод при ~100мА на корпус .