Ш2,5х2,5 M2000 HM1-14 (а Ш3х3 M2000 HM1-14?)
какое макс напряжение можно выжать?
(U1 23в, Рвых - 0.5Вт)

Папробуйте это:
http://www.maxiol.com/download/calcIBP103.rar
Программа расчета импульсных трансформаторов по книге Эраносяна.

Мне кажется как и у любого трансформатора, любое напряжение, хоть киловольты, определяющим является габаритная мощность, возможность укладки необходимой обмотки, ну и на высоких напряжениях-сопротивление изоляции.

Максимальное допустимое напряжение определяеися устойчивостью изоляции к пробою, в некоторых случаях для улучшения этого параметра используют многосекционные каркасы(преобразователи для питания ламп с холожным катодом), соответственно: каркас, толщина изоляции- определяют габаритные характеристики магнитопровода. Приведенные же вами характеристики, влияют только на магнитоемкость сердечника, и соответственно на максимально-допустимый магнитный поток через этот сердечник, а он влияет на максимальную мощность, которую может этот сердечник нести.
Более корректно для этого вопроса было бы указать какой провод используется в трансформаторе, тип изоляции, ее толщина.

Странно, всегда считал, что "максимально-допустимый магнитный поток через этот сердечник" влияет только на количество витков на вольт. Т.е. если бы Вы имели идеальные сверхпроводящие провода, Ваши потери ограничивались бы только перемагничиванием сердечника и никак с проходящей мощностью не были бы связаны.
Поправьте, pls, если ошибаюсь.

А можно ли всю воду в реке пропустить через одно бутылочное горлышко без образования запруды?

Да, это так. Только есть еще емкости обмоток, и индуктивность рассеивания.
В паразатитах и застрянет передаваемая мощность, при условии что потери в сердечнике малы.