Здравствуйте! Подскажите пожалуйста, как рассчитать необходимое сопротивление нагрузки для сигналов FRAME#, IRDY#, TRDY#, DEVSEL#, STOP# и PERR#? В спецификации написано, что эти сигналы требуют, чтобы резисторы имели устойчивые номиналы, когда шина активно не используется.
Что для этого нужно знать и как это сделать?

Не нагрузочные, а "подтягивающие".
См. п. 4.3.3. Спецификации PCI (Pull-ups).
Только эти резисторы должны стоять на системной плате, а никак уж не на плате расширения!

То есть я правильно понял, что моя плата к этому делу никакого отношения не имеет и сигналы с платы (конкретно с ПЛИСины) напрямую в PCI втыкаются??

Именно так.
Есть один момент про PRSNT1, PRSNT2 - нужно (по спецификации) их задать соответственно потребляемой платой мощности. По жизни же, они анализируются материнской платой в очень редких случаях.
В любом случае ответ практически на любой вопрос содержится в спецификации - ее нужно просто внимательно читать.