Решили применить MCF5485.

Но возник следующий вопрос: необходимо ли подавать напряжения питания на выводы встроенного в МК контроллера USB, если он не используется?

Явно в доках не нашли уточнения по этому поводу, но мнения всетаки разделились.
Таких выводов 5 шт., все предлагается питать через фильтры (для нормальной работы).

В доке имеется фраза:
The USBRBIAS resistor should be placed as close to the dedicated USB 2.0 pins as possible. The tolerance should be ±1%.
Но и она однозначно не отвечает на вопрос.
На схеме примера это сопротивление присутствует и про него нет уточнений (что не устанавливается), несмотря на то, что интерфейс используется.

Рассудите.

Разве так трудно подключить питание?
Отсутствие питания на некоторых ножках микросхемы может привести к тому, что незапитанная часть микросхемы будет тянуть питание из запитанной. Так что смещение лучше подать, но с фильтрами и высокоточными резисторами можно не заморачиваться, ИМХО.

Совершенно не трудно.

Также считаю, но может кто-то уже ходил по этой дорожке и знает не по наслышке.