Цитата(Sp_dev)
Правильно ли я понимаю, что в принципе, достаточно простой загрузки файла и никаких других данных загружать не надо?
Правильно, только нужный файл прошивки. Теоретически еще надо добавить около 8 CCLK для процедуры Startup (по умолчанию DONE появляется на 4 CCLK при Startup), но обычно в конце файла прошивки есть "данные" (пустышки), при передачи которых и происходит Startup (если Вы Startup не перевели на USER Clock - опции BitGen)
Цитата(Very_hard)
Также вопрос - тот ли файл прошивки я использую - *.bin?
Да использовать надо *.bin. Bit - это заголовок (формат которого можно найти в одной из тем этой конференции, если чего могу выложить заново) + содержимое bin файла.
Цитата(Very_hard @ Sep 23 2008, 15:42)

В начале вроде бы выставляется в 0 PROG_B, потом ожидается 0 на INIT, потом 1 в PROG_B, ждем 1 на INIT, задержка (100 мкс) и дальше данные с клоком.
Да где-то так и надо делать (иногда работает и без задержки в 100 мкс). ПЛИС фиксирует данные (DIN) по rising edge CCLK.
Есть еще одни саперские грабли на которые периодически наступают: у последней загружаемой в цепочке ПЛИС в опциях BitGen надо поставить Done_Drive_High. У вас, я так понял, ПЛИС в цепочке единственная - проверьте наличие этой галочки.