Случайно удалил файл проекта ххх.prj и файл разводки платы в корзину, затем восстановил их на те места где они были. Но теперь пропала любая аннотация. При этом когда делаю изменения в DxD, и перепаковываю ExpeditionPCB видит их. но кнопки аннотации загреены.

И ещё вопросик: как правильно обновлять компоненты в схеме ( на плате). например меняю корпус компонента, нужно ли заново открывать компонент и делать ремапинг? нужно ли его удалять из схемы и затем заново вставлять, и делать пере-запаковку (и в каком пункте ставить точечку обновления локальной библиотеки)? Или может быть в ExpeditionPCB есть спец кнопочка которая сама обновит ячейку.

1. Скороее всего вы еще что-то сделали, что разрушило целостность проекта. Как чинить мне без самого проекта не понятно. Могу только предположить несколько предположительных вариантов:
Скопировать проект через Job_Management_Wizard - возможно в копии все нормализуется.
Сделать новый проект в который перекопировать схемы (средствами DxD) и папку PCB - при запросе DxD "создать новый PCB или использовать существующий?" указать на существующий PCB.

2. Диалог Setup>Project_Integration
кнопки что делать при прямой аннотации с локальной библиотекой платы:
- Добавить отсутствующие компоненты (PDBs->CELLs->Padstacks)
- Обновить те у которых есть новые версии в ЦБ
- Обновить но сохраняя измененные в локальной
- Удалить локальную библиотеку и создать заново на основе данных из ЦБ

ECO>Update_Cells & Padstacks - обновление ячеек и стеков площадок данными из ЦБ

ECO>Replace_CEll опция Reset - воостановление изображения ячейки согласно текущим данным в ЦБ - например удалили\изменили RefDes в слое SilkScreen_Top\Bottom, а теперь хотите вернуться к начальному виду ячейки.

Возможно это случилось потому что эти файлы были сначала перемещены в другую папку, и затем от туда удалены. А заметил я это когда попытался их открыть из DxD и Exp, вот наверное тогда и потёрлись связи.