Всегда пожалуйста

за ответ!
Я не случайно подчеркнул, что классы, а не слои. В Allegro желательно мыслить по-аналогии с объектно-ориентированным программирование. Объект "плата" - и ее параметры, объект "площадка" - и ее параметры, объект "корпус елемента" (замечу - не елемент, а только лишь корпус!) - и его параметры.
Если Вы используете компоненты со сложными pads (я так понимаю, что площадки рисуете полигонами - shapes - и в редакторе площадок, их (полигоны) подставляете вместо стандартных геометрических фигур ?), то желательно рисовать такие же полигоны (но других соответствующих размеров) и подключать их В РЕДАКТОРЕ ПЛОЩАДОК в слоях pastemask и soldermask. Это должно быть железным правилом. Если уж используете свои площадки, то будьте любезны их готовить к употреблению полностью...
Что касается package geometry - есть компоненты, корпуса которых снизу имеют площадки теплоотвода, которые должны припаиваться к плате. Поскольку часто такие теплоотводы должны быть електрически "плавающими", для них не используют ножек на схемах (pins). Нет ног - нет площадок. Вот как раз для таких случаев и предусмотрено наличие soldermask и solderpaste в классе Package Geometry.
Board Geometry - тоже в наличии подклассы soldermask и solderpaste - по тем же причинам. Допустим вам нужно припаять к плате механические элементы (экраны, скажем). Вот это и будет случаем прорисовки посадочных мест екранов (solderpaste и soldermask) на плате, если вы не хотите (не можете) использовать компоненты для описания таких элементов.
Соглашусь, что много теоретиков создавали продукт allegro. И не всегда все его возможности сразу используются. Но зато - какой ПРОДУКТ создали!!!
Спасибо, что выслушали...