Дано: 6 слойная плата. Hi Tg текстолит. Отверстия 0.3 Покрытие HAL.
Собрана аналоговая схема. После пайки, промывки, сушки параметры схемы уходят.
Через пару дней выправляются. Грешим на то, что впитывается влага.

Вопрос: Это может быть следствием трещин в отверстиях? Или это брак текстолита
и он набирает влагу прямо с поверхности?

Или флюс/моющий раствор слегка активный. А вообще- то влага всегда в воздухе есть, и на поверхности текстолита она всегда будет, если она не защищена. Нужно покрывать водоотталкивающим лаком. И мыть, соответственно перед этим.

До этого на аналогичных платах подобного не наблюдалось. То есть оно понятно, что надо защищать, но настраивать-то как? Тестовые образцы, там десятки перепаек.

Стеклотекстолит сам по себе гигроскопичен, не зависимо от того, МПП это или ДПП. И это не брак материала.
Если у вас есть весы с точностью до трех знаков после запятой - вы можете запросто измерить количественный показатель накопления влаги стеклотекстолитом из воздуха в том числе и в конкретной МПП. У какото производителя материала влаги впитываться будет больше, у какогото - меньше. Это уже вопрос экспериментирования.
Подробнее можно почитать в книге проф. А.Медведева "Печатные платы. Конструкции и материалы" в главе 3.7.1.5 Водопоглощение, влагостойкость.
Для начала проверьте режимы и продолжительность сушки МПП. Возможно вы недосушиваете плату. Возможно наоборот ваша плата стабильно работает (чего, собственно быть не должно) при определенных условиях влажности.
При рассмотрении вопроса важнее информация по технологическому процессу, нежели по конструкции платы.
Следует помнить, что защитная паяльная маска тоже не является гидроизолятором и впитывает влагу как и стеклотекстолит.