Есть схема, абсолютно не читаемая. Необходимо много перемещать элементы, при этом могу появляться новые точки соединения. Можно ли в настройках зафиксировать все цепи, или выдавать предупреждение когда появляется новая связь. И возможно ли автоматически заменить все линии на port?

Если Вы не будете допускать пересечения перемещаемой цепью (цепями) и выводов (с этой же цепью) или точек соединения (этой же цепи), то никаких новых точек не будет...

Тщательнее надо...

Это понятно, только так все намного получается.

Полуавтоматическая замена всех линий цепей на порты.

Через ECO:

1. Включить запись ECO (Utils/Record ECOs../->On).
2. Удалить ВСЕ цепи (Options/Block Selection../ Items->Wire-> Вкл. Остальные Выкл.! Select mode: Outside block )
3. Сохранить ECO (Utils/Export ECOs)
4. Выключить запись ECO (Utils/Record ECOs../->Off).

Далее надо отредактировать сохраненый текстовый файл(лучше его копию) следующим образом:

4. Заменить следующие команды по всему файлу:
a.)
NetNodeDelete
на
NetNodeAdd

б.)
NetDelete
на
NetAdd

5. Переставить все строки начинающиеся с команды
NetAdd "имя цепи"

В самое начало файла, порядок неважен.

5. Сделать импорт отредактированного, по вышеописанной методике, файла ECO (Utils/Import ECOs..).

Конец.
p.s. не забыть сделать backup перед процедурой.

большое спасибо, помогло.