Возможно ли PonyProg заставить програмировать AVRс нестандартным для него кварцем (4МГц)? Если да то как?

А причем тут кварц? Поне совершенно фиолетово какой кварц используется, лишь бы камень с этим кварцем работал. Изначально камень вообще запрограммирован для работы с внутренним генератором и я, обычно, первую прошивку делаю именно в этом режиме, хотя это все и не принципиально.

Всё правильно, поня на мегагерцовых частотах работает нормально. Однако если используется кварц на десятки килогерц, может давать сбои. В таких случаях я пользуюсь UNIPROGом(http://avr.nikolaew.org) с включёной опцией "тормоз".

Поня Прог во время общения с AVR сам генерирует тактовую частоту на проводе SCK и ему наплевать, работает ли генератор процессора. Это и позволяет работать с кристалом, в который зашиты всякие глупости.

А нестабильность общения с кристалом вызвана, как правило, особенностями конкретного программатора (длина и исполнение проводов, плохие контакты, инвертирование сигналов, плохое питание, наличие источника помех, слабые и медленные выходы программатора).
У Пони можно натроить фазы всех сигналов по своему желанию. В частности помогает инвертирование SCK.

И еще по поводу использования Пони с простейшим шнурком для программирования (ну, тот что на СОМ-порт - несколько резисторов диодов и транзистор): у Пони есть два варианта программирования: с использованием SI Prog API и SI Prog I/O. В одном случае получается быстрее, во втором - медленнее. Ну так вот, после нескольких лет успешного использования такого программатора, он перестал работать в "быстром" варианте, но сохранил свою работу в "медленном" (что бы прошить и верифицированить мегу128 необходимо было около 5 минут).
Когда все это уже достало, собрал простой "активный" программатор на LPT-порт - на этом все проблемы и закончились.

Не знаю как у тебя, но уменя без кварца не программируется. А сигнал sck используется для тактирования данных. Это авриал может шить без кварца.

Строго говоря, без кварца не пробовал.
Но когда разбирался с M8 и кварц 8 мег не заводился, (пока изучал, что значат флажки у Пони) проблемы с их общением отсутствовали. Отсутствовали и когда срывал генерацию, подгоняя частоту кварца.
Время будет - попробую голую AVR почитать / пописать.

Используй AVReal - не будет тебе таких проблем. У него не только без кварца можно тактировать внешне, но и указывать частоту программирования для твоего случая.