Возникла необходимость использовать встроенный АЦП, и конкретно те входы, на которых так-же подключен JTAG.
В документике "AVR042: AVR Hardware Design Considerations" на 6 страничке есть абзац, и картинка с примерами. Не в курю как сделать. Конкретно, в какую точку подключается сам JTAG, и как, если необходимо, делать подтяжку к VCC при программировании, на каких конкретно пинах, и тд. Да и какого номинала использовать резистор, тот который после RC фильтра...

JTAG - непосредственно к ногам контроллера, подтяжки к VCC (на время программирования) - согласно приведенной схеме, на пинах, относящихся к JTAG. Собственно, в приведенном фрагменте ДШ все разжевано...
Резисторы я бы килоом по 4.7-10 поставил.

Как уже писали, JTAG - непосредственно к ногам контроллера, питание при программировании подавать на конденсатор. При этом левый по схеме резистор работает как подтяжка к питанию пина JTAG'а, а правый - как потдтяжка к питанию источника аналогового сигнала. Поэтому их сопротивления должны быть соответствующие.
Резисторы 10кОм увеличат выходное сопротивление источника аналогового сигнала (которое по даташиту рекомендуют не более 10к). Это может повлиять на результаты измерений АЦП при single-ended mode. Особенно, если при измерении используется переключение каналов.

Блин подтяжка совсем не в тему, делать ее специально ой как не хочется При том что посмотрел пару девайсов, где есть jtag и используется adc - там везде сделано по 3 схеме...
Сигнал вялотекущий, измеряется не чаще, чем 1 раз в 30 сек, поэтому до этого планировал ставить RC фильтр на 1гц (основная помеха - 50гц).
Но что-то шибко большие кондеры надо для этого...
Чтоб такого сотворить...

Думаю, правый резистор не увеличит выходное сопротивление источника аналогового сигнала, тк источником будет уже конденсатор.

Например, отключать аналоговые выходы от ног JTAG во время программирования.
Джамперами или дип-свитчиками:

Это зависит от номинла конденсатора. При номинале в 2048 раз больше за входную емкость АЦП (а это 28нФ) - правый резистор точно никакого влияния не имеет. (Реальное значение емкости на самом деле может быть меньше). Но, с другой стороны, при С=28нФ Rr=10к справа образуется пассивный фильтр 1-го порядка с частотой среза 555Гц. Хотя после уточнения праметров входного сигнала это уже неважно.

Работоспособность 3-й схемы зависит от номиналов компонентов. Думаю, что при левом сопротивлении ~10к и конденсаторе ~33нФ она будет волне работоспособна. В крайнем случае, можно будет уменьшить частоту JTAG'a или увеличить сопротивление левого резистора. Но в последнем случае для сохранения точности нужно будет откидывать первые пару измерений после переключения канала.
А фильтрацию помехи сети можно сделать програмным способом - усреднять значения выборок за период, кратный 20 мс. Если я не прав, пусть поправят

При конденсаторе ~33нФ для фильтра правый резистор получается уж шибко космический... Для частоты среза в 1гц почти 5МОм...
Заниматься постоянным мониторингом АЦП нету желания, хотя это и возможно, ибо значения АЦП нужны только по запросу клиента (сетевой девайс)...

33 нФ привел как минмально допустимое значение для случая с переключением каналов и Rлев = 10кОм. Ничто не мешает поставить и большее значение. Вопрос только в том, повлияет ли он на сигналы JTAGa (если собрать по 3-й схеме). А это зависит от выхода программатора (для SCK и TDI). Если там не окрытый коллектор (а наколько я помню, там обычный выход), то 99,99% что программатору эта емкость не помешает. Вопрос только в том, как поведет себя контроллер при запуске, когда конденсатор полностью разряжен.
P.S. Может, для программирования в серии легче использовать SPI? А для отладочной платы использовать джампера.

Пожалуй так и есть. Просто у меня STK500 подгорел, в плане ISP-а, остался только JTAG. А в серию, думаю, пойдет SPI + бутлоадер для клиентов