Проблема в следующем, при работе БП через фильтр БП "вяло" реагирует на изменение нагрузки. В качестве линии +200В использую лабораторный источник (несколько разных), на проблему не влияет.
Если только посадить GND осциллографа на любой вывод конденсатора 100мкФ, БП ведет себя правильно и быстро отслеживает изменение нагрузки.
Также если убрать один из дросселей; убрать один из дросселей, а индуктивность другого увеличить в 2 раза; установить один из конденсаторов CY1, или CY2, БП ведет себя правильно и быстро отслеживает изменение нагрузки.
Шунтирование линии 200В конденсатором 100мкФ не на что не влияет.
Чем обусловлена такая проблема и как с такими случаями правильно бороться?

Попробуйте для начала соединить первичку и вторичку через конденсатор 1000 пФ - 3 КВ

Яж написал, что кондеры CY1, или CY2 устраняют проблему, только непонятно почему? Ведь их задача только помехоподавление.
Я не понимаю, почему связь по переменке источника с линией так сказывается, ведь источник работает фактически от конденсатора 100мкФ, на котором присутствует 200В с небольшими пульсациями, обусловленными динамикой нагрузки, причем здесь вообще связь по переменке?

Скорее всего, возбухает система стабилизации в источнике. Возможно, из-за паразитных компонетов, связанных со входом.

Если соединить входную и выходную GND, то проблема тоже исчезает.