в Латтисах для этого есть возможность
http://www.latticesemi.com/documents/TN1148.pdf
http://www.latticesemi.com/documents/TN1144.pdf

то есть

This provides the ability to use an alternate or backup bitstream, referred to as the “golden”
image. The device always attempts to load the primary image from the selected source. Should any unexpected
interrupts occur during configuration of the primary image, the LatticeXP2 device will automatically switch sources
and configure from the golden image location.

меня спросили - можно ли так для Альтер (циклоны) или Ксайлинса (спартаны)
а я и не знаю - вроде бы это просто реализовать, но сделали ли они?

У Ксайлинксов такая возможность заложена в конфигурационные флэшки.То есть можно загрузить несколько версий битстрима во флэшку и выбирать (либо "софтверно", т.е. при программировании этой флэшки, либо "хардверно", то есть тупо уровнем на спец. ноге флэшки) какой битстрим грузить. Ну а как сделать логику управления выбором битстрима - это по-моему тривиально. Прицепить какой-нибудь watchdog, который запускается по началу конфигурации, и если она вдруг за определённое время не прошла - выбирает другой битстрим.

спасибо, про несколько битстримов я знаю, но это нужно внешнее устройство (а тут уж если делать - то может оказаться проще/надежнее контроллер поставить и грузить ПЛИС как слейва).
хотелось более простого решения

а в новых S6 и т.п не появилось чего-либо нового?

Есть такое в S6, например
Multi-boot называется.
Из того, что Вы сообщили про Латтис - это аналог от Xilinx.
Подробности в UG380

Вроде как в Циклоне3 тоже есть.

У Альтеры это называется Remote Update/Local Update. Вся необходимая для этого схема встроена в самой ПЛИС и не зависима от пользовательской части. Режим задается подвесом ног на 1/0.
Есть у всех современных циклонов, стратиксов и аррий