Насколько я помню DDS не дает точную частоту, т.е. установить частоту точно 100.0 МГц невозможно (даже если опорный генератор идеальный), соответственно и другие частоты тоже.
Смотрите
http://www.analog.com/static/imported-file...eets/AD9857.pdf на странице 22 первая формула сверху, целое число получить почти нереально.
И ещё, сигналы с разными частотами никогда не будут синхронны. За-то они будут когерентны, т.е. если в какой-то момент времени оба сигнала пересекли линию нуля, то через определенный момент времени ситуация опять повторится. И так всегда.
100МГц и 100МГц+1кГц имеют разницу по частоте 1кГц, соответственно будут пересекать линию нуля (иметь одинаковую фазу) каждую 1мс.
Мне кажется, что достаточно удостоверится что при одинаковых частотах сигналы синхронны, что Вы и сделали.