С FT232 по UART TxD происходит паразитная подпитка микроконтроллера ATmega. FT232 питается от шины USB. Проц при подключении устройства к USB так же питается от него, но питание на него коммутируется отдельной схемой и должно управляться пользователем. А тут всплыло такое
Что воткнуть в линию TxD FT232 -> RxD ATmega чтобы этого избежать, пока не будет включено питание на микроконтроллере.

Конденсатор. А со стороны меги резистор подтягивающий Rx к её питанию

поставить диод минусом к FT, со стороны проца подтяжку около 3ком. Другой вариант -любой буфер толерантный к 5В по вхооду (например 74LVC1G08, 74AHC1g08). Буфер запитать со стороны контроллера.

Поставил кондёр керамику на 10мкФ и резистор подтягивающий на 10к. Полёт нормальный.

Я бы сделал так: если имеется свободная ножка у контроллера то соедините её с Vccio(FT232)-эта нога естественно должна быть отключена от питания +5в. Как только включите контроллер подайте 1 на этот порт и у вас появятся уровни на TXD-RXD FT232. Если нет свободной ножки и контроллер запитывается ключём, то напряжение на Vccio можно взять оттуда.