Чуток поэкспериментировал, смотрите картинку.
Собрал управление на МК, пока без сильных и заумных способов управления по нагрузке. Ключевые номиналы, входное питание 35В, мосфет на 1500В от СТМа, дроссель на торе TX36/23/10-3C90 c 29 витками 1мм провода (1.7мГн), умножитель из 20 ступеней на 0.12мкФ 1кВ керамике и каких-то довольно шустрых диодах (нашлись в закромах Родины) со скоростью переключения около 50нс и пиковым током 150мА. На выходе пока нагрузки не было, если не считать делитель на 2ГОма.
Что получилось:
1. можно работать в большом диапазоне частот от 1 до 1200кГц даже от МК и, при необходимости, измерять им напряжения в критических участках цепи,
2. на выходе с 20ой ступени получались напряжения от 4кВ (200-800кГц 50% ШИМ) до 10кВ (5кГц 50% ШИМ), ШИМы с меньшим или большим значениями только слегка меняли значения пикового напряжения,
3. при измерении напряжения на первой ступени и на 20ой, напряжение отличалось в 20 раз (в пределах измерения), что говорит о том, что умножитель на 20 ступеней может функционировать качественно и с минимальными потерями

Что не понятно:
без нагрузки не смог получить на выходе меньше 4кВ, при напряжении питания 35В как только не игрался с частотой и ШИМом... Это эквивалентно тому, что на первый конденсатор умножителя идет пульсирующее напряжение [0, 200]В. Если я на вход вместо 35В подам 320В, то получаемое пульсирующее непряжение в 1800В похерит все мои номиналы... Вдруг кто может что-то посоветовать, скажите, пожалуйста, в чем может быть причина таких высоких пульсаций, и как сделать так, чтобы пульсации были меньше (хочется при напряжении питания в 320В или 220VAC иметь пульсации около 900В).
PS: шим на выходе с МК осциллографом проверял - все в порядке, левых всплесков или выбросов - нет, после МК стоит мосфет-драйвер TC4421 (два последовательно, так как купил, по глупости, инвертирующий).
Спасибо всем откликавшимся, и заранее спасибо тем, кто откликнется!
С уважением
ИИВ