Если Вы хотите прошить EPCS без квартуса, то для этого необходимо:
1. сделть JIC файл по инструции, изложенной в AN370.pdf
2. получить JAM файл
3. запустить Jam.exe со строкой "-aCONFIGURE MyFile.jam"
4. запустить еще раз Jam.exe но с "-aPROGRAM MyFile.jam"
PS. полный цикл программирования EPCS4 на BB2 занимает около 2 минут.
PPS. скриншот консоли
D:\jam>jam.exe -aconfigure MyFile.jam
Jam STAPL Player Version 2.5 (20040526)
Copyright © 1997-2004 Altera Corporation
Device #1 IDCODE is 020820DD
configuring SRAM device(s)...
DONE
Exit code = 0... Success
D:\jam>jam.exe -aprogram MyFile.jam
Jam STAPL Player Version 2.5 (20040526)
Copyright © 1997-2004 Altera Corporation
Device #1 Silicon ID is 18
erasing ASC device(s)...
programming ASC device(s)...
reading ASC device(s)...
DONE
Exit code = 0... Success
Удачи.