C помощью супервизора отлавливаю пропадание напряжения питания и формирую внешнее прерывание на INT 0
Контроллер запитан батарейкой. На батарейке не напряжение не ток не скачут в момент выключения питания.
Но процедура сохранения данных во внутреннюю EEPROM контроллера как то выполняется однобоко (только часть данных записывается в EEPROM)
Подскажите где искать ошибки?

Желательно видеть схему и исходник. А то так просто трудно догадаться в чём проблема.
Если просто сигнал подать на int0, без выключения питания, то нормально отрабатывает?

Да норматьно.
У меня эта процедура вызывается и при не пропавшем питании и тогда все данные сохранны.
Паралельно питанию контроллер а включена батарейка и ионистор.

Возможно на reset или по питанию проходит помеха при выключении.
А не может так быть, что запись на самом деле проходит нормально, то потом, в результате сбоя, EERPOM портится? Попробуй не писать данные в нулевую ячейку EEPROM, и сразу после записи EEAR обнулять, чтобы портилась неиспользуемая ячейка 0.

В нулевую вообще не пишу а только читаю из нее.

Процедуры записи и чтения EEPROM

void EPROM_W(int ADDR, char DATA)
{
unsigned char savedSREG;
while (EECR & (1<<EEWE) ) ; // wait bit EEWE
EEAR = ADDR; // set address
EEDR = DATA; // set data
savedSREG = SREG; // keep setting so it can be restored
EECR |= BIT(EEMWE); // set "write enable" bit
EECR |= BIT(EEWE); // set "write" bit
SREG = savedSREG; // restore SREG
}

char EPROM_R(int ADDR)
{
while (EECR & (1<<EEWE));
CLI(); // disable interrupts
EEAR = ADDR; // set address
EECR |= BIT(EERE); // set "read enable" bit
SEI(); //re-enable interrupts
return (EEDR);
}

Скорей всего сброс развязан от батарейки и при пропадании питания он все таки формируется. без схемы трудно подсказать.
При записи тоже желательно запретить прерывание.

CLI(); // disable interrupts

while(EECR&(1<<EEWE));//wait for EEWE -> 0
EEAR=0;//to prevent EEPROM corruption

EEAR=0;//to prevent EEPROM corruption

Я подправил, как считаю нужным. Т.е. суть в том, чтобы не использовать нулевую ячейку вообще. В ней будет мусор, вызванный сбоем проца при нарушении питания.
Может у тебя происходит повторный вход в обработчик прерывания?

Вот тема, где обсуждалась работа с EEPROM:
http://forum.electronix.ru/index.php?showtopic=7607

Сбой наверно потому что напряжение падает слишком быстро. Попробуй ионистор еще один поставить, а запись, как скали выше, без прерываний делай.
При быстром падении напряжения возможно бит EEWE вылетает раньше времени.

тут надо на схемку позырить, наверное контроллер сбрасывается?!