Собственно вопрос. Такой.

Чаще всего всего она подключается к истоку. Пороговое напряжение как раз приводится для подложки, соединенной с истоком. Если надо сдвинуть порог, сдвигайте потенциал подложки

Почти всегда подложка соединена с наименьшим (наибольшим) потенциалом в схеме для n-канальных (p-канальных) транзисторов. Обычно это потенциал земли/питания.
В некоторых аналоговых схемах иногда меняют потенциал кармана p-канальных канальных транзисторов для различных целей. Подсоединить подложку n-канальных транзисторов на что-то отличное от потенциала земли в стандартных bulk КМОП процессах (без добавления различных скрытых слоев) невозможно, так как физически P-карман всегда соеденен с подложкой p-типа. Это для случая подложки P-типа. Для подложки N-типа справедливо обратное.
Для техпроцессов со скрытым слоем/Triple well, SOI - возможно одновременное варьирование потенциалов подложек для транзисторов каждого типа проводимости.

у n-mos к "земле", у p-mos к "питанию"

Решил не создавать новую тему.

Помогите, пожалуйста понять схему.
Схема во вложении.

Вот описание
После включения питания схемы на ее на ее вход от материнской платы подается напряжение высокого уровня (1), вследствие чего на входе компаратора (2) будет низкий уровень. Это приводит к тому что на выходе компаратора (3) будет напряжение высокого уровня и контакты реле LS1 будут замкнуты. В момент нажатия кнопки включения ПК (время tOn) контакты реле LS1 находятся в замкнутом состоянии, что не препятствует включению. В точке 1 напряжение переходит в низкий уровень, что приводит к постепенному росту напряжения на входе компаратора (2). Скорость роста определяется произведением R1C1. При достижении напряжения на входе компаратора уровня Uc (через время Т2), задаваемого соотношением сопротивлений резисторов R2 и R3, компаратор «переворачивается» что приводит к размыканию контактов реле LS1. Если к этому моменту не замкнуты контакты Разъёма замыкания и размыкания на плате- происходит отключение компьютера.

вот правильно в точках 8 и 9 указано, что провода соединены?
почему меняется выход с компаратора U2/2?
И чтобы реле LS1 было замкнуто, что должно быть на выходе компаратора, ноль или единица? (низкое или высокое напряжение)

Вероятно, в точке 8 не должно быть контакта.
Чтобы реле было "замкнуто" - работали опто-транзисторы? Тогда, конечно, на выходе компаратора должен быть 0.