В общем все пришлось писать заново, используя другие ресурсы. Форум electronix.ru ни фига мне не помог.
Собственно не очень и рассчитывал. Зато теперь... утритесь гуру

Мне удалось запустить UPP в режиме DMA с прерываниями и загрузкой новых данных на лету.
По осциллографу видно что при размере буфера больше определенного размера пропуски пропадают.
Прикрепляю проект для CCS 5.4. Ничего не требуется, только импортировать проект. Все настроено так, что проект компилируется с любого места на винте.
UPP в проекте работает в режиме
TX канал A, RX канал B, ширина шины данных 8bit, частота CPU 300MHz, частота UPP 37.5MHz
Кроме того в проекте активирован режим Digital Loopback, поэтому чтобы данные полетели наружу надо его отключить.
Чтобы отключить надо закомментировать UPP_LOOPBACK_ENABLED
Также там включены только прерывания RX,TX чтобы включить все надо закомментить UPP_INT_TEST_ENABLED
Еще нашел ошибки в скачанном недавно с сайта Texas Instrumente Starterware для OMAPL138. У них в файле hw_upp.h неверные адреса регистров.
Будьте осторожны. В проекте эта ошибка исправлена.
Проект для OMAPL138.