Спасибо, до этого пока дело не дошло...Хочу сейчас определится каким софтом пользоваться. В книжке описана настройка проекта для кейла. О подключении и конфигурировании mt-link ничего нет.

Хорошо, перечитаю.Повторение мать учения

Это одно и тоже с jlink

Ставите кейл. Лечите.
Устанавливаете J-Link (у меня 3.72b, доволен). Лечите.
В кейле Flash->Configure flash tools...вкладка utilities жмите пимпу use target driver, из списка выбираем RDI, жмем settings, выбираем J-Link, указываем путь к jlinkrdi.dll.

Сам новичок в ARM, MT-Link и т.д.
Нашел такой файл по подключению отладчика к системе (см. вложение).

Когда что-то "задышало" не порадовала скорость, плевался, пока не
изменил в настройках RDI значение парметра "JTAG Speed" c 30 на 6000.
(иллюстрацию см. на стр. 14 приложеного файло)

Поискал по форуму и не нашел конкретный ответ на вопросы. Просьба не сильно пинать.
1. mt-link поддерживает ли AT91SAM9260?
2. Можно ли с помощью mt-link записывать во внешнюю флэш память?
3. Как можно сделать и правильно сделать загрузку разных приложений в зависимости от ситуации:
Грузится, например, linux и система работает с ним. В процессе работы linux принимается команда управления, далее делается kill all и наверно еще что-то, система идет на перезагрузку и далее грузится программа соответствующая некой задаче, выполняемой без ОС. Можно ли в одну флэш положить обе прошивки и как их выбирать? Есть ли альтернативные варианты? Можно и коммутировать электронный ключ, выбирающий микросхему флэш, так как питание не выключается, но это не очень хочется.

1. Поддерживает.
2. Можно.
3. Напишите свой загрузчик или модифицируйте uboot/redboot.

aaarrr, спасибо за быстрый ответ.
к 3. Вы могли бы идею такого загрузчика описать, моих мозгов на данном этапе точно не хватит. Как загрузчик может чисто программно выбирать из какой области грузить программу (linux или выполняемый без ОС файл)?

У uboot и redboot есть область параметров, которая хранится во флеш-памяти, можно модифицировать ее. Но лучше использовать внешний EEPROM.

Я правильно понял идею? Есть EEPROM на шине I2C. По приходу команды производится запись, скажем, 1 в некоторую ячейку памяти этой EEPROM. Затем делается перезапуск системы. Модифицированный загрузчик считывает эту ячейку памяти и в зависимости от состояния грузит один из вариатов программ.
Если хочется, чтобы всегда грузилась при включении питания одна программа, то эта ситуация не реализуема?

Почему?

Если загрузчик считывает ячейку, то ее надо будет всегда переписывать. Это уменьшает ресурс EEPROM в 2 раза. Не очень эффективно. Может есть решение аналогичное применяемому в Win (если правильно диагносцировал), когда инсталлятор перезапускает систему, оставляя необходимую информацию в ОЗУ.

Это с какой же скоростью придется систему перезапускать, чтобы EEPROM грохнуть (1M записей)?
Ну, поставьте FRAM, используйте scratchpad RAM внешнего RTC и т.д.

Инсталлятор Win ничего в ОЗУ не оставляет.

Старые представления о 10 000-100 000 циклах записи. RTС это интересно! (Надо мыслить шире, замечание для себя )
По поводу инсталляторов для Win. Что-то ставил (не ОС), перезагрузка, загрузил не Win. Что ставил -не установилось. Переставлял с обычной перезагрузкой- все нормально. Не помню что ставил, давно было. Запомнил из-за этого необычного эффекта (впечатление, что в памяти что-то осталось необходимое для продолжения установки)