Я не понял в чем проблема? Не удается запрограммировать EPCS или циклон не грузится с уже запрограммированной EPCS-ки?
Если у Вас проблема с заливкой прошивки в EPCS - проверьте сигналы между последней и циклоном (DATA0, DCLK, nCS, ASDI, ну и питание есс-но). Подключение MSEL и прочих остальных сигналов не оказывают абсолютно никакого влияния на этот процесс.
И так, если все подключено правильно, действуем по шагам:
1. Компилим проект, получаем .sof (будем звать его out.sof)
2. Жмем в квартусе File -> Convert Programming File
3. выбираем Programming file type : JTAG Indirect Configuration File (.jic)
4. выбираем Configuration device : EPCS(какой там у Вас?)
5. File name можете поменять, можете нет (по умолчанию output_file.jic)
7. в окне Input files to convert посвечиваем Flash loader и жмем Add device... и выбираем наш циклон
7. в этом же окне посвечиваем SOF Data и жмем кнопку Add file... , выбираем наш out.sof
8. жмем Generate - должно сказать Generated successfully иначе смотрим, где ошибка.
9. чтоб в следующий раз не проделывать все эти пункты - сохраним конфигурацию - Save conversion setup...
Далее запускаем программер, выбираем полученный output_file.jic, режим JTAG и жмем Start

Все это проделывалось стопицот раз на 2х и 3х сцыклонах. Проделайте так у себя, и напишите на каком этапе затык.