Можно, однако IMHO риск получить нестабильно работающую систему не стоит лишних трех мелких деталек. Однако если вы хотите до тонкостей постичь физический смысл - ставьте MWO и вперед.

Проблема не в стоимости, а в отсутствии места для лишних трех мелких деталек

Значит вы остальное расставили неоптимально - до вас у всех они пока что помещались. Причем абсолютное большинство насколько мне известно еще и 0603 ставит.

Каждому - свое
Вот получил от Мураты S-parameter model для NFM18PS, попробую просимулировать

А spice модель можно где-то добыть?
Я так понимаю. До 20 MHz работает конденсатор. После 100 MHz сказывается индуктивность выводов, что подключаются на землю (хоть там их и нет, одни площадки). А вот между этими частотами влияет индуктивность проводника между входом и выходом. Возможно, получается из-за особых свойств используемых материалов (NFM?). Из-за этого имеется плоская область на характеристике. Если про эту область забыть, получаем характеристики обычного конденсатора. Но с особыми конструктивными свойствами.
У ферритовых бусин свойства индуктивности сохраняются до 100 MHz (дальше не рисуют графики, у Murata смотрел). Надеюсь, и дальше продолжится то же.
Поэтому, как минимум, в диапазоне до 20 MHz в фильтре будут работать и бусина, и проходной конденсатор (так же, как и любой другой). Подавление помех будет лучше. И после 100 MHz подавление, как минимум, не будет ухудшаться.
upd. А про антирезонансный пик (из-за которого тема возникла) я понимаю так. LC-цепи образуют по отношению к ногам питания ФАПЧ параллельный резонансный контур, на котором сопротивление возрастает. Любые скачки потребления в цепи ФАПЧ будут выделяться на этом сопротивлении (они будут малы, но джиттер ФАПЧ увеличится). Чтобы уменьшить импеданс, увеличивают емкость конденсаторов.

а действительно ли так необходимо подавать питание на PLL если он не будет использоваться ?
например чип ep3c25e144 для питания PLL требует 2.5v
очень не удобно лишний стабилизатор ставить

S-paraneter model for nfm18ps105r0j3, nfm18ps474r0j3.

Спасибо за файлы.
Дареному коню в зубы не смотрят, но спрошу.
Это уже de-embedded данные? Смущает провал вниз S11 на частоте "за 1ГГц".