Так в том то и дело, что и в ucf файле топология не прописана. Там собраны временные констрены, размер Pblock-а и его состав. Все. Добавив содержимое ucf файла в головной ucf - макрос-то раскладывается естественно в границах Pblock-a, но те так как это было сделано в PlanAhead.
Когда вы макрос без констрейнов размещения импортируете, конечно, не так раскидывается, как было в PlanAhead.
Есть у вас в UCF к макросу констрейны SLICE_ или RLOC_?