Я тестовый проект создавал по этому описанию http://gnuarmeclipse.livius.net/blog/test-project/ Для "stm32f10x StdPeriph Lib 3.5 C Project" и "stm32f3xx StdPeriph Lib 1.0 C Project" сборка проекта происходит без ошибок, а для "stm32f4xx StdPeriph Lib 1.2 C Project" лезут ошибки как для stm32f401xx так и для stm32f429_439xx , я не думаю что они не проверяли на сборку тестовый проект. Но у меня чего то не хватает, а вот чего, найти не могу.
Скорее всего что то неправильно делаете, у меня все тоже самое работает без проблем. Может надо доки почитать. Ну или там посмотреть, среда коряво настроена, или слишком сложные примеры беретесь изучать, попробуйте чего нить попроще...