Оптимальный вариант, это как на рисунке приложенном ниже.

А еще лучше не два толстых проводника на контактную площадку, а полигоном залить что бы совсем минимизировать индуктивность. Уменьшить ее индуктивную реактивную составляющую и как следствие комплексное сопротивление цепи питания.
По своей сути развязывающий конденсатор обеспечивает следующие основные функции:
- Подавление помех, генерируемых ИМС (при переключении каскада вентилей, логики и прочего)
- Обеспечение переходных токов, связанных с работой и поддержкой рабочего напряжения
- Формирование пути возвратных токов сигнала
И это все замечательно. Получается, что вариант 2 лучше, нам же надо все таки препятствовать эмиссии помех в цепи печатного узла.

С другой стороны через цепь развязки к микросхеме протекают возвратные токи сигналов, токи потребления от источника питания, токи помех – генерируемые другими микросхемами… Хорошо, что ферритовый помехоподавляющий компонент L стоит.
Так как Вы ставите LC на один пин, предполагаю там питание PLL. Вы же не будите ставить на каждую ножку питания МК LC. Тогда, лучше поставить еще кондера после L т.к. при таком подключении для развязки питания, полное сопротивление относительно терминала высоко.
А если вы щедрый товарищ и на всякое питание ИС ставите L, то можно и не заморачиваться на замыкании помехи на конденсаторе, она все – равно будет подавлена L. Хотя ставить, как на первом рисунке было бы признаком хорошего тона.
Вот на хаб fast usb 2.0. Архитектура микросхемы такова, что земля на пине не замкнута через конденсатор.

А вообще конечно это все в теория и на практике конденсаторы ставятся на обратной стороне печатной платы, связанный через переходные. Т.к. плотность монтажа все выше и выше, обычно ставить конденсаторы на одной стороне с МК – это не позволительная роскошь. И поднимать вопрос о критичности их размещения имеет смысл только тогда, когда ясно, что ВЧ и очень ВЧ и время нарастания фронта мало или это аналог.

В противовес, как почва к размышлениям привожу еще рисунок выше