1. Задержка на разных слоях может быть разной. Все зависит от параметров стека. Для скорейшего понимания, возьмите HL и добавьте несколько передающих линий на эквивалентную схему, увидите нечто подобное Нажмите для просмотра прикрепленного файла
в данном случае в свойствах установили одинаковую длину, но первая трасса на верхнем слое, а вторая на внутреннем (третьем). Как видите задержка довольно сильно отличается, хотя у них один опорный слой (второй). Поиграйтесь параметрами стека и трассы, и увидите наглядно что на что влияет и как.
2. Удельная задержка в трассе и переходе разная поэтому и в свойствах via задают фактор длины, для компенсации при подсчете. Т.к. в конечном счете вам нужно чтобы сигналы прибыли в определенное время, а выдержав одинаковую общую длину это отнюдь не значит что получили одинаковую задержку. Например две цепи одна без переходов, другая с двумя переходами, общие длины равны. Означали ли это что и задержка равна? Конечно нет.